京都市内には昔、今あるもの以外に私鉄が走っていたらしいのですが?
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JRの路線には私鉄を国有化したものも多いのです。

1872年(明治5年)、新橋-横浜間で鉄道が開通し、それが神戸にまで延びて現在の東海道線の元となったのは1889年(明治22年)のことになります。明治時代中期はある種の産業革命の時期でもあり、その一環として、全国各地で鉄道敷設に対する活動が行われることになります。
地方での鉄道敷設にはそのための民間会社が設立されることも多く、京都でも1893年(明治26年)に京都鉄道会社という民営鉄道会社が設立され、私鉄鉄道の免許を交付された上で京都から舞鶴までの鉄道敷設を担うことになりました。

保津峡付近の難工事を乗り切り、1899年(明治32年)京都-園部間が開通の運びとなった京都鉄道は、その後も舞鶴までの延線を図るとともに既存沿線での利便性を向上すべく駅を開設していきます。
しかし、京都鉄道会社は資金調達に難航した園部-舞鶴間の敷設を政府に委託。1906年(明治39年)には鉄道国有法が公布され、全国17の私鉄が以後10年以内に国有化されることとなります。翌年8月、京都鉄道会社は全ての業務を政府に引き継ぐことでその役目を終えることとなりました。京都-園部間は、国鉄からJRとなった今でも、JR山陰本線として利用されています。